En el año 20X5, los piratas espaciales atacan una de las naves de la Federación que transportaba muestras de metroides y se los llevan al planeta Zebes para modificarlos y usarlos como armas de guerra. ​La Federación Galáctica localiza la base de los piratas espaciales en el planeta Zebes y lanza un ataque para erradicarlos y recuperar a los metroides. Sin embargo el ataque falla obligándolos a retirarse, por lo que deciden enviar a la cazarrecompensas galáctica, Samus Aran, para destruir a Mother Brain, quien controla a los piratas, la fortaleza y sus defensas.

Samus llega al planeta y se infiltra en la región volcánica del planeta, Norfair. Tras investigar el planeta, Samus es sorprendida por un Kraid, a quien logra derrotar fácilmente.  Mother Brain al enterarse de la presencia de Samus envía a Ridley, el comandante de los piratas espaciales, para que asesine a Samus. Ridley le hace una emboscada a Samus, sin embargo ella logra derribarlo y accede a la región de Tourian donde se encuentra la base los piratas. ​

Tras acceder a la base de los piratas espaciales, Samus se entera de que Mother Brain ha estado multiplicando a los metroides mediante radiación gamma.4​ Samus congela a los metroides intenta aferrarse a ella para absorber su fuerza vital, y se adentra en la cámara de Mother Brain.​ Al llegar a la cámara, Samus desactiva las defensas de la base y destruye la cápsula en la que se encontraba Mother Brain, causando que se inicie el protocolo de autodestrucción de la base.

Samus se sube a su nave e intenta escapar del planeta Zebes, pero al abandonar la atmósfera del planeta, su nave es derribada por los piratas espaciales quienes le habían tendido una emboscada.​ Tras hacer un aterrizaje forzoso en Crateria y perder su traje debido a los daños causados por la explosión, Samus investiga las ruinas de Chozodia en busca de un nuevo traje.​ Tras completar con éxito las pruebas de los Chozo, Samus recibe un nuevo traje y el acceso a la nave nodriza de los piratas espaciales.

Al adentrarse en la nave nodriza en busca de una nueva nave para escapar del planeta, la cazarrecompensas descubre que los piratas habían construido una versión robótica de RIdley en un intento para revivirlo.​ Tras derrotar al nuevo Ridley, se inicia la secuencia de autodestrucción de la nave nodriza, y Samus roba una de las naves de los piratas espaciales para escapar. Después de escapar del planeta, Samus le informa a la Federación Galáctica que ha derrotado a Mother Brain y erradicado a las muestras de metroides que había en el planeta.

Créditos

Director: Yoshio Sakamoto
Productor: Takehiro Izushi
Productor ejecutivo: Satoru Iwata
Jefe de programación: Katsuya Yamano
Programadores: Tomohiro Kawase,  Nobuhiro Ozaki, Hideaki Shimizu, Katsuki Yoshinori
Diseño gráfico: Norikatsu Furuta,  Tadashi Matsushita, Fumiko Miyamoto, Hiroshi Momose
Diseño de personajes: Hiroji Kiyotake, Sano Shinya
Diseñadores de nivel: Takehiko Hosokawa, Ryuichi Nakada, Masani Ueda
Música Kenji Yamamoto, Minako Hamano
Efectos de sonido: Takaya Fujii

Desarrollo

Nintendo R&D1